O Sistema, que atende 16 municípios, foi transferido para a Companhia Fluminense de Trens Urbanos – Flumitrens, em dezembro de 1994.

No ano de 2000, em atendimento a compromissos assumidos quando da transferência, foram concluídas as obras de 5 passarelas de pedestres, sendo 2 em Comendador Soares, 2 em Nova Iguaçú e 1 em Paciência, além da remodelação total das estações ferroviárias de Madureira, Manguinhos, Deodoro e Saracuruna. Foram também concluídos em 2000 a reabilitação de 6 TUE, a recuperação total da infra e superestrutura em 6,2 km de via e a implantação de 36 km de circuitos de 4,4 kV.

Ao todo foram investidos, aproximadamente, R$ 34 milhões, sendo R$ 11 milhões com recursos do Tesouro Nacional, R$ 19,8 milhões como contrapartida e R$ 3 milhões oriundos do financiamento do Bird.