O Sistema, que atende a 22 municípios, foi transferido para a Companhia Paulista de Trens Metropolitanos – CPTM em maio de 1994.

Com o encerramento do Acordo de Empréstimo com o BIRD, em 31 de março de 1998, as obras não concluídas até aquela data passaram a ser executadas exclusivamente com recursos do Tesouro Nacional, que em 2000 somaram R$ 7,3 milhões.

Atualmente, algumas pendências no sistema de telecomunicações vêm sendo eliminadas, objetivando melhorar a comunicação no Trecho Guaianazes-Estudantes. Na Linha Santos-Jundiaí está sendo aguardada a implantação dos rádios de bordo para início do Período de Funcionamento Experimental – PFE.

Visando aumentar a potência elétrica de tração, foi concluída, no ano de 2000, a montagem eletromecânica das Cabines de Seccionamento de Vila Matilde, Estudantes e Artur Alvim e a Subestação de Engenheiro São Paulo, encontrando-se em andamento a construção da Subestação de Patriarca.